A

partire dalla fine del XIII secolo i documenti attestano la presenza in questi territori di alcuni personaggi appartenenti alla famiglia Famese, forse di origine orvietana e legata alla

fazione guelfa, che diventerà una delle casate più importanti nel medioevo e nel Rinascimento, e che prende nome probabilmente proprio da Farnese, uno dei castelli di loro proprietà (domini de Farneto).
Il primo personaggio appartenente a questa famiglia può essere riconosciuto in un tale Giovanni, vassallo degli Aldobrandeschi, che nel 1222 rinnova la sottomissione a Orvieto per i castelli di Ischia e Farnese. Nel 1294 risultano signori del Castrum Farneti Pepo di Ranuccio di Pepo e i suoi fratelli, da considerare i primi rappresentanti della stirpe.
Il casato dei Farnese compare ufficialmente per la prima volta in un documento del 1315: i "Domini de Farneto" con i loro castelli, le terre, i fedeli e i familiari loro sono ricordati tra i primi nobili e baroni del contado di Orvieto che affiancano il comune nella rivolta contro il rettore del Patrimonio di San Pietro in Tuscia.
In seguito i Domini de Farneto rimasero fedeli alla Chiesa durante tutto il periodo dell'esilio avignonese dei papi, e nel 1353 prestarono il loro aiuto militare al legato pontificio cardinale Egidio Albornoz, che portò alla restaurazione della sovranità pontificia nel Patrimonio di San Pietro in Tuscia.
Giurando fedeltà e sottomissione alla Chiesa, i Farnese ottennero il riconoscimento sui feudi che già possedevano e anzi aumentarono l'estensione dei loro domini, gettando le basi dei futuri ducati di Castro e di Latera e Farnese. Nel 1354 risultano possessori di pochi castelli: Farnese, Ischia, Cellere e una parte di Tessennano.
La fortuna della famiglia inizia con Ranuccio, figlio di Pietro e nonno di papa Paolo III. In cambio degli aiuti resi alla Chiesa, egli divenne il banchiere della Camera Apostolica su molti territori, per i quali assicurava la difesa e la riscossione delle imposte.
La famiglia Farnese, dunque, fino a questo momento dedita al mestiere delle armi, spesso in modo mercenario, vede aprirsi le porte della carriera ecclesiastica, che porteranno molti suoi esponenti al rango cardinalizio, fino all'apice della loro fortuna con l'elezione a pontefice del cardinale Alessandro Farnese col nome di papa Paolo III (1534).
Nel 1537 papa Paolo III istituisce per il figlio Pier Luigi il ducato di Castro; non è provata da alcuna documentazione invece la contemporanea istituzione del ducato di Latera e Farnese, che compare citato esplicitamente per la prima volta soltanto in un documento del 27 agosto 1612, in cui compare il titolo di Duca di Latera attribuito a Pietro Farnese. Probabilmente il ducato di Latera e Farnese, appartenente ad un ramo cadetto della famiglia, esisteva già dopo il 1537 di fatto, ma non di diritto, ed ebbe come centro principale l'abitato di Farnese. Successivamente la residenza viene trasferita a Latera, fino all'estinzione della famiglia nel XVIII secolo.
Il primo signore di Latera e Farnese può considerarsi Pier Bertoldo, figlio di Galeazzo, che successe alla guida del feudo alla morte del padre, avvenuta dopo il 1537. Pier Bertoldo dispose di essere sepolto nella chiesa parrocchiale di Farnese dedicata al SS. Salvatore (1560). Uno dei figli di Pier Bertoldo, Galeazzo II, introdusse importanti norme sull'amministrazione del feudo, tra cui la concessione dell'uso dei pascoli della Selva del Lamone agli abitanti di Farnese, uso che si conserva ancora oggi.
Il periodo di maggiore fioridezza di Farnese si deve però al ducato di Mario, il quale nel 1583 emana lo Statuto, in cui si stabilivano le norme fondamentali per la comunità riguardanti i più disparati campi delle attività del piccolo Stato farnesiano: dai regolamenti di giustizia, alle cariche amministrative della Comunità, alle attività agricole, alle tariffe da tenersi da parte dei vari artigiani, alle norme igieniche per la pulizia delle strade.
Dopo la distruzione di Castro (1649), Farnese entrò a far parte della diocesi di Acquapendente.
In questi anni il Ducato di Farnese, a causa dei forti debiti che gravavano sulle sue casse ormai esauste, contratti per mantenere lo sfarzo della corte Farnese nel ducato di Parma e Piacenza, viene ceduto, nel 1658, dal cardinale Girolamo e da suo fratello, il duca Pietro, al cardinale Flaminio Chigi. Successivamente Agostino Chigi, principe di Farnese, emanò un ulteriore statuto, e fece costruire il palazzo, attuale sede del Comune.
Nel 1798 le truppe napoleoniche tolsero la proprietà di Farnese ai Chigi; in seguito il paese fece parte della Repubblica Romana, per poi tornare sotto il controllo diretto della Chiesa. Fu acquistato successivamente dai Torlonia, e dopo l'Unità d'Italia passò allo Stato Italiano.