Non si hanno notizie precise circa il trasferimento della sede della Parrocchia dalla Chiesa di Santa Maria della Neve a questa Chiesa, che con molta probabilita' avvenne nella prima meta' del 1500, i primi registri parrocchiali risalgono al 1548 e il completamento della navata sinistra probabilmente e' avvenuto nel corso dello stesso secolo in seguito ai lavori per la costruzione di un cimitero sul lato sud della Chiesa.
Il 10 novembre 1711 venne posta la prima pietra per la ricostruzione dell'attuale campanile, in sostituzione del vecchio crollato nel 1708.
Nel 1714 venne realizzata la facciata in stile barocco, realizzata su disegno dello svizzero Carlantonio Cozzi e sostituita dall'attuale nel 1954/55 su disegno dell'arch. Vincenzo Fasolo in seguito i danni causati del bombardamenti avvenuti durante la seconda guerra mondiale.
Nel 1821 venne realizzato il soffitto a cassettoni, opera di Luigi Ghinelli, e nel 1823/24 soffitto e chiesa vennero dipinti e decorati da Flaviano Valeri, pittore di Montefiascone.
All'inizio de XX° vennero eseguiti numerosi lavori di restauro che portarono all'eliminazione di alcuni altari laterali, e i restanti furono rifatti in marmo nel 1947.
Nel 1972 e' stato costruito l'altare principale al centro del presbiterio, utilizzando le balaustre che lo separavano dalla navata, come stabilito dal Concilio Ecumenico Vaticano II.
L'attuale facciata, composta da mattoncini rossi e lastre di marmo e travertino, ha alla sua sommita' un arco trionfale con al centro una statua di marmo raffigurante il Cristo a braccia aperte che accoglie nella sua Chiesa il popolo di Farnese, con ai lati due nicchie vuote.
Al centro della facciata c'è un mosaico rotondo di scuola veneziana, che riproduce l'effige della Madonna delle Grazie attorniata da due angeli, mentre nei due tondi in marmo sono raffigurati San Francesco d'Assisi che ammansisce il lupo e Santo Isidoro ossequiato dal figlio.
Nella parte inferiore il portone d'ingresso e due finte finestre con scolpite allegorie floreali.
All'ingresso della Chiesa si trovano due bassorilievi in travertino, sulla destra una testa triface, dalle cui bocche escono dei tralci di vite e sulla parte sinistra il leone di San Marco, che si ritiene provengano dalla distrutta Città di Castro nel 1649.
Nella nicchia, subito dopo la porta di entrata del campanile, la vecchia campana del 1685, sostituita perché rotta nel 1983, con la scritta in italiano e giapponese: "XXV di Sacerdozio di Don Giuseppe Santi 1958-1983. La comunutà di Farnese ringrazia i pellegrini del Giappone per le generose offerte che permettono di conservare ai posteri la vecchia campana nella Chiesa stessa".
Nella nicchia centrale, in fondo alla navata principale, c'è un Crocifisso in legno pressoché a grandezza naturale, con alle spalle un quadro raffigurante La Madonna e un Angelo che intercedono per le sottostanti 'Anime Sante del Purgatorio', ai lati le canne dell'organo e sulla finestra soprastante l'immagine in vetro istoriato del Santissimo Salvatore seduto sul trono che sorregge con la mano destra la Croce e con la sinistra il Mondo.
Nelle vele dell'abside sono raffigurati i quattro Vangeli e gli strumenti della Passione di cristo, portati da angioletti.
Sotto l'Altare Maggiore, sono custodite le reliquie di San Flavio Martire (patrono di Farnese fino al 1815), donate dal Cardinale Gaspare Carpegna al principe Agostino Chigi nel 1694.
A lato si trovano le copie in gesso delle statue di Santa Lucia e Sant'Isidoro, che si trovavano sulla facciata della Chiesa prima del 1954.
In fondo alla navata sinistra, nella Cappella della Madonna del Carmine o del SS. Sacramento, troviamo il Ciborio ligneo decorato in oro zecchino con inserti in marmo del 1603 donato da Mons. Ferrante Farnese vescovo di Parma, sulla sinistra il quadro di San Michele Arcangelo che lotta con Satana, opera di Orazio Gentileschi (1605/1608), sulla destra La Messa del Miracolo di Bolsena, conosciuto come 'La Messa di Papa Paolo III' attribuita ad Anton Maria Panico e seminascosto dal Ciborio il quadro della Madonna del Carmine, con San Carlo Borromeo.
A metà della navata sinistra, troviamo l'altare della Madonna del Rosario con dipinti i Misteri del Rosario, anche questi attribuiti al Panico, ed ai lati i quadri di San Giovanni Battista e il Martirio di San Sebastiano.
Sulla sinistra dell'altare di 'San Giuseppe' (la tela che raffigura il 'transito di San Giuseppe' è dell'inizio del 1900),
si trova la tela del 'Transito di Sant'Antonio Abate', anch'essa attribuita al Panico; e sulla destra San Giacomo Apostolo.
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